對於多原子分子，其分子軌域能量的高低,順磁逆磁等性質，需利用『分子軌域』理論(Molecular orbital theory)來解釋。『混成軌域』則是『價鍵』理論(Valence bond theory)常用的，在解釋分子幾何結構時，比較有用。有時做分子軌域也會先把原子軌域混成，但並非必要。

因混成軌域是假想多原子分子中個別原子在形成分子軌域之前的軌域重新組合，完全是假想，與分子的最後能量不能等同視之，一般是假設原子軌域在混成後與混成前的總能量不變。